隐匿江湖多年的柳余恨突然现身，陆小凤深感诧异。原来这与五十年前金鹏王朝遗留的稀世珍宝有关。陆小凤碍于金鹏王相求和上官飞燕卷入此事，决定帮忙查找当年的三个叛臣，他很快找到关中珠宝阁大当家的严立本和峨嵋掌门严独鹤，但两人很快便死于西门吹雪和丹凤公主剑下，二人的死使刚有眉目的线索戛然中断，事情变得扑朔迷离。紧接着花满楼离奇失踪，丹凤公主也中毒身亡，通过缜密梳理，陆小凤发现求他办事的金鹏王竟然是个假冒者..

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

萌宝战警经历万难终于在第三季结尾得到了“生命能源”后，却在最后一次穿越返家回程中，被世星大帝篡改了时空之门，萌宝战警和铁算盘一同被传送到了距离地球1500光年的虫族霸格星，这是一颗和世星同处泰比星系的星球，被噬星大帝垂涎已久。而铁算盘成功的改进并控制了蚁族的进化系统，这迫使铁算盘和掌握开启虫洞“钥匙”的世星大帝继续合作。