1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥

刘建明在陈永仁被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

峻轩开车载着韩朗一行来到法藏寺，部署刺杀洛威的行动。洛威也带着众手下来到法藏寺。韩朗安排好众人后，意外发现峻轩精神紧张，似有所隐瞒。洛威根据峻轩透露的情报找到了潜伏着的戴卫，韩朗见戴卫联系不上，更对峻轩加强了警惕，称改变计划，让峻轩直接入内解决洛威，峻轩犹豫不决，韩朗以家琳相逼，峻轩被逼无奈，于是趁洛威不注意时亲手枪杀了他。此时子弹匆匆赶到，洛威伤势严重，已无法挽救，洛威弥留之际，告诉子弹玥琪未死，言毕便气绝而亡，子弹见好兄弟已死，痛哭流涕。子弹根据洛威留下的线索找到了玥琪，两人相见，恍如隔世。子弹随后质

大陆公安江子丹（子弹）赴港探访旧时好友，意外撞上香港缉毒警察韦峻轩带领小队进行扫毒行动。在行动中，一名毒贩坠楼身亡，子弹惊奇发现，坠楼的“毒贩”，正是他的好友伍永哲（五折）。子弹大感疑惑，决定调查此事，他先联系了五折常去的咖啡屋老板娘马莎，又在五折租屋发现五折的日志，得知五折原来是潜伏在黑社会的卧底警察。而峻轩也得知子弹是五折死前最后的联络人，决定前往五折事发地点一探究竟。子弹利用五折死前最后留下的密码信息，找到了毒贩隐藏起来的毒品，却不料撞见了峻轩，峻轩并未发现和他打斗的人是子弹，子弹连忙逃脱，却不料又