明末时期，女主角云裳18岁，爱慕林封，后林封离家学道，走入邪道...云裳等待三年，清兵入关，流落秦淮河！云裳悄悄避过清军的注意，来到了江边。在那里，认识了吴梅村吗，吴梅村为复社大业离开，云裳伤感之际来到蔚竹庵出家。 林封云游到蔚竹庵，吴梅村看见云裳和林封，戳穿林封和萨满的阴谋。云裳发现林封秘密，劝林封向善，林封夺了道袍跑下山。偷袭萨满没成功，萨满假扮林封回到云裳身边，承诺改邪归正，云裳识破萨满，两人相斗，萨满受伤逃走但抢走无字天书，云裳也受伤。林封在镇上大开杀戒。云裳来到镇上制止林封，萨满用终极聚魂幡要杀

《新撰组镇魂歌 二分之一》是改编自梅村真也原作、桥本英治作画的漫画《新撰组镇魂歌》外传作品。