故事描述了9岁小女孩和86岁飞行员的一段无法忘记的旅程。小女孩生活的世界由CG特效制成，而小王子的世界则由和纸绘制的一个个镜头拼接合成。

根据安托万·德·圣埃克苏佩里的故事，《小王子》这个充满哲理的童话从一名飞行员迫降在撒哈拉沙漠开始。在那里，他遇到了来自小行星B-612的小王子，并通过他的叙述了解到这位小男孩的奇异旅程，包括他遇见了一位国王、一位虚荣的人、一位商人、一位点灯人和一位地理学家的经历。直到小王子来到地球，他才通过与狐狸、蛇及飞行员的互动，深刻理解到关于友谊、责任和爱的生命真谛。