高中生齐木楠雄拥有着透视、预知、瞬间移动、千里眼等超能力，却因自己的超能力而带来了很多灾难。因此，他封印了超能力，以默默无闻为信条过着平淡的日子。但他的身边总是聚集着不可思议的生物，而风暴般的灾难也不断地袭来。

前挂川高中的球队队长，在意大利豪门球队大展身手的“世界级猛将”神谷笃司。现在就读于球队羸弱的挂川高中，与足球部保持距离的辻秀人。二人相遇时，新的传说将拉开大幕——

齐木楠雄从出生就拥有各种各样的超能力，他会透视，瞬间移动，隐身等，他的生活反而会因为超能力不便，所以已经是高中生的齐木楠雄最大的愿望就是过平凡的生活！然而，外表看似冷漠的他却有一颗善良的心，他每次都会暗中帮助陷入到困境的同学们。学校举行文化节，齐木楠雄必须在暗藏危险的各个活动中拯救同学：学校第一美少女想方设法吸引齐木楠雄的注意力；热血班长组织全校马拉松大赛危机重重；不靠谱的魔术师的超高危险魔术惊心动魄；改邪归正的转校生与不良少年发生争执……同学们渡过难关，其实都是齐木楠雄在使用超能力帮助大家转危为安。然而

灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。