外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手小女孩皮诺可的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。

世界著名的制药公司戴达罗斯的巨大高楼被神秘组织装置了炸药而爆炸，大楼周围成为一片地狱的景象。一个少年被铁骨夹住，救助队束手无策，而那块铁骨有随时会崩落的危险。