第二季第一集承接上一季最后一集的剧情，从被炸弹和狙击枪威胁的夏洛克和华生和莫里亚蒂第一次正式会面开始。接着夏洛克在接受白金汉宫一份重要委托的案件中遇到了亦正亦邪的神秘女子艾琳·艾德勒，一位旗鼓相当的对手，一个使他心动的女子。这一次莫里亚蒂使大众相信夏洛克所有的事迹全是虚构，使之变成一个伪英雄名誉扫地。而为了彻底打垮夏洛克迫使他跳楼，莫里亚蒂竟立刻吞枪自杀，结局到底如何，夏洛克会因此中了他的圈套吗？

第二季将聚焦荣耀、背叛、逆转交织的影子战争中，英勇智慧的华盛顿间谍如何与狡诈的乔治三世密探展开刀不血刃的隐秘较量。爱国军团面临战役的惨败，令费城落入英方手中。华盛顿的队伍人心涣散，血流成河，他本人不仅处境艰难，还要面对来自军队内部的叛徒和自己的心魔。在那段黑暗的岁月中，华盛顿最亲密的战友、声名远扬的指挥官本尼迪克特·阿诺德对其的不满与日俱增，这些更是攸关革命事业的成败。在费城战役后，无论是军队人数还是枪械装备均落后于英军的独立军将领华盛顿将他的全部希望寄托在库珀团，这只流淌着年轻血液的羽翼未干的民间间谍组