身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。病毒以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但艾克赛德与灵骑却在关键时刻被敌人堵住了去路。在这穷途末路的危机下，这两名假面骑士及人类们都等待着英雄的出现，那些被称为传说的假面骑士们挺身而出，联手抗敌，共同打破了这一危机。

矿石病——那是会让人体逐渐结晶化直至死亡的不治之症。 罗德岛制药公司为研制出治疗矿石病的特效药物，并为解决天灾与矿石病带来的各种问题与争端、改善感染者的处境而不断采取着行动。为阻止感染者组织整合运动的暴行，罗德岛与炎国城市龙门签订协议，为实现各自的目标而共同行动着。在经历了与米莎和碎骨的战斗之后，阿米娅无法接受现实，独自消沉着。而在另一边，罗德岛向分城废墟派遣的侦察小队，注意到了废城中出现的特异现象……