少年方世玉随父亲方德自广东赶往杭州城进货，至杭城后，方世玉在集市因不忿于城中霸主雷老虎横行霸道致死卖艺老汉秋氏，而与雷老虎大打出手，致雷老虎重伤昏迷，方世玉与被其所救的卖艺女秋茗遭雷夫人李小环追杀落崖，后途径偏僻酒馆欲回杭城取回秋父尸体，却意外发现雷府利用陆运镖局自上海运送鸦片进杭州，为了斩断毒物毒害百姓，方世玉与秋茗、以及离家出走来到杭州的二哥方美玉、偏僻酒馆金氏父女联手揭露雷府阴谋。

清雍正年间，反清志士纷纷起义，图谋推翻满清。雍正皇帝派大内高手纳兰德刚率其秘密杀人组织血滴子，赴扬州剿灭反清组织大明会，在江湖掀起一片腥风血雨。但平静的日子随着大明会黑白护法之一的鬼影修罗朱令策出现而告结束。方世玉不满苗翠花对自己的苛刻管教，上少林习武，并同纳兰德凯二人得传少林绝学易筋经，方德因雍正诡计导致天地会对其产生误会，无奈之下自刎以表清白，经历少林苦修后的世玉，继承父亲的侠义。

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方世玉（李连杰 饰）、雷婷婷（李嘉欣 饰）、陈家洛（郑少秋 饰）一行抵达红花会总舵。红花会事业蒸蒸日上之余，帮内争权夺势的斗争亦未停息，堂主于镇海（计春华 饰）因不满父亲传位陈家洛，几次三番找人行刺未果，方世玉出面当众斥责，两人结下仇怨。 　　陈家洛命世玉等人抢夺扶桑武士护送的一锦盒，虽有苗翠花（萧芳芳 饰）出手相助，但任务失败，期间世玉再次相遇对其芳心暗属的两广总督之女安

小方世玉为首的一群孩子在少林武院学习、成长；莫大将军为首的官府势力在崇阳镇屯兵敛财，拉拢江湖的邪僧欲潜入少林寺获取达摩碑而称霸武林。当江湖武林、现实社会的各方面势力爆发激烈冲突，无法回避地撞击到孩子们身上时，他们从懵懂无知，被动躲避，到看清真相，勇敢担当。经过磨难和努力，他们修得了功夫，历练了心智，获得了友谊，也承担了责任；在少林方丈的指引下，小伙伴们发现潜伏在少林寺的邪僧与朝廷将军勾结的证据，最后，他们齐心协力完成了一个难以完成的使命——保护了达摩碑，从而实现个人成长上的终极跨越。