又一场狂风骤雨随着日出东方悄然逝去，粉碎了反秦联盟的刺杀行动，大秦帝国的统治表面上再次复归于平静，就仿佛昨夜什么也不曾发生。秦始皇运筹帷幄，对天下反秦势力进行了一次成功的大清洗，迫使反秦势力悄悄隐匿入广阔的江湖之中，修养生息，由此引发的焚书坑儒事件，也使秦始皇得以成功铲除异已，蜃楼也终于扬帆起航，开往海外去寻找长生不老药。然而，大秦帝国千秋万代的道路上仍然存在着诸多不可忽视的阻碍，一直对中原虎视眈眈的北方狼族，在长期的蛰伏之后，再次爆发起对中原的新一轮冲击，日益频繁的戍边战事，令帝国的铁骑疲于应付。

从一位误入潇湘谷并最终丧命的青年剑客的角度，讲述阴阳家两大长老“湘君”和“湘夫人”的离奇往事，悬念重重、气氛诡谲。潇湘谷中隐藏着怎样的秘密？湘君与湘夫人之间究竟发生了什么？一切将在妖异的彼岸花海中缓缓揭晓……

仗剑英雄，侠义少年，邀君共赴江湖游。千重机关，万阙迷岭，快意恩仇续前缘。主人公同名士侠隐仗剑游走江湖，于时代变革的乱世之中经历了亲情、友情、爱情的沧桑变幻、悲喜轮回，最终成为了终结这个时代、开创新纪元的决定性力量，也堪称是一段浪漫辉煌的中国式武侠传奇。

特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。

每回执行完任务后白凤都显得非常感伤，掌握着别人的命运却要亲手结束，而自己的命运又无法掌握，对此墨鸦却有另一番感悟，想要掌握自己的命运就要有足够的速度。输掉比赛的白凤被墨鸦带去看姬无夜的新猎物，雀阁里关着的是一位抚着空琴的美丽女子，白凤送去的琴虽让她弹出了百鸟来朝的《空山鸟语》，但也为白凤招致了杀身之祸。

话说秦王灭六国统一天下之后，依然不得安生，因为天下英雄群起而反抗秦国的暴虐，尤其是江湖第一剑客盖聂居然一个人就在残月谷打败了秦兵“千军”“万军”，令秦王很没面子。