以游戏第2作以后，准备转任法国巴黎的大神一郎回忆队员的往事。前4集每集各为一个小单元，最后两集为一个小单元。

梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦…

1935年，听闻父亲方玉龙的死讯，方云天告别了日本的留学生涯，回到中国上海，准备接管父亲方玉龙的拜把子兄弟高信义暂时托管的家族事业，偶遇的沈如画和方云天在互相斗气逗乐中互生好感。在沈如画的父亲沈富贵的安排下，两人成亲，高文轩大受打击。方云天旧日恋人日本女孩川岛云子随同父亲来到上海寻找方云天，当她得知方云天已经成亲，伤心欲绝。方云天跟高文轩兄弟反目，争霸上海滩。川岛云子的父亲来到中国利用女儿与方云天等展开一幕幕惊心动魄的谍战较量。最后，方云天在危难时局下带着沈如画参加了抗战。

樱花小镇的奇趣生活